No antigo Egito, o faraó Seti, temendo que um alarmante aumento de escravos hebreus pudesse levar à rebelião, ordena que seus guardas matem todos os recém-nascidos hebreus. Temendo pela segurança de seu filho recém-nascido, a escrava Joquebede, junto com seus dois filhos pequenos, Miriam e Aarão, corre para o rio Nilo, onde coloca o seu filho ainda bebê em uma cesta e o deixa na água depois se despedir com uma última canção de ninar. Miriam segue a cesta levada pela correnteza até chegar no palácio do Faraó e testemunha seu pequeno irmãozinho bebê ser adotado pela esposa de Seti, a rainha Tuya, que o nomeia Moisés.

Anos mais tarde, Moisés e seu irmão adotivo Ramessés, herdeiro do trono do Egito, são repreendidos por seu pai por destruir acidentalmente um templo durante uma corrida de bigas. Por sugestão de Moisés, Seti, procurando dar a Ramessés a oportunidade de provar que ele é um jovem responsável, nomeia-o príncipe regente e lhe dá autoridade sobre os templos do Egito. Como tributo, os sacerdotes Hotep e Huy oferecem-lhe uma jovem midianita, Zípora, a quem Ramessés dá a Moisés, nomeando-o Arquiteto-Chefe Real.

Mais tarde naquela noite, Moisés segue Zípora enquanto ela foge do palácio e se encontra com os seus verdadeiros irmãos, agora adultos, Miriam e Aarão; Miriam conta sobre a real origem de Moisés para ele, que inicialmente não acredita. Miriam então canta a canção de ninar de sua mãe, que Moisés se recorda vagamente; perturbado com isso, ele retorna ao palácio, ansioso para voltar ao seu costumado ambiente familiar real. A verdade sobre o seu passado é mais tarde reforçada por um pesadelo e depois finalmente confirmada pelo próprio Faraó Seti, que perturba Moisés afirmando que os hebreus “eram apenas escravos”. No dia seguinte, Moisés, ainda atordoado, acidentalmente empurra um guarda real do alto de uma construção egípcia para a morte enquanto tentava impedi-lo de chicotear um escravo idoso hebreu. Horrorizado, Moisés foge e se exila no deserto, apesar dos pedidos de Ramessés para que ele fique.

Após enfrentar uma tempestade de areia no meio do deserto, Moisés segue um camelo portando água até uma pequena aldeia; lá, Moisés defende três garotas jovens de bandidos e depois descobre que elas são irmãs mais novas de Zípora. Moisés é recebido pelo pai de Zípora e sumo sacerdote de Midiã, Jetro. Depois de se assimilar à cultura da aldeia, Moisés se torna pastor de ovelhas e se casa com Zípora. Um dia, enquanto perseguia um cordeiro perdido, Moisés descobre um arbusto ardente, através do qual Deus lhe diz para voltar ao Egito e guiar os hebreus para a liberdade; Deus concede a Moisés seus poderes através de sinais com seu cajado e ensinará a Moisés o que dizer aos egípcios. Moisés e Zípora retornam ao Egito, onde Moisés é alegremente recebido por Ramessés, que agora é faraó com esposa e filho.

Moisés pede à Ramessés a liberação de seu povo e transforma seu cajado em uma cobra egípcia para demonstrar sua aliança com Deus; Hotep e Huy recriam com orgulho essa transformação e também demonstram os poderes dos deuses egípcios para Moisés. Em vez de libertar os hebreus, Ramessés dobra sua carga de trabalho. Moisés inflige nove das dez pragas do Egito, mas Ramessés ainda se recusa a ceder a libertação dos escravos e, contra a advertência de Moisés (prenunciando a última peste), promete nunca libertar os escravos hebreus; Moisés prepara os hebreus para a décima e última praga, instruindo-os a sacrificar um cordeiro e marcar os batentes das portas de suas casas com o seu sangue. Naquela noite, a última praga mata todos os primogênitos do Egito, incluindo o filho de Ramessés, poupando a vida dos hebreus. O faraó finalmente dá permissão a Moisés para libertar os hebreus.

Na manhã seguinte, os hebreus deixam o Egito liderados por Moisés, Miriam, Aarão e Zípora. Chegando à beira do Mar Vermelho, eles avistam Ramessés liderando seu enorme exército; Ramessés ordena seus guerreiros a matar todos os hebreus para se vingar de Moisés. No entanto, um enorme pilar de fogo surge e bloqueia a passagem dos egípcios temporariamente; Moisés então finca seu cajado na água e abre uma passagem no Mar Vermelho. Os hebreus atravessam o fundo do mar pela passagem aberta, enquanto a coluna de fogo que segurava o exército de Ramessés desaparece e os guerreiros entram também na passagem. Todavia, a água do mar se fecha e afoga os soldados egípcios, poupando apenas Ramessés; Moisés, depois de atravessar com segurança o Mar Vermelho junto dos hebreus, se despede mentalmente de seu irmão adotivo, enquanto Ramessés grita enfurecido pelo nome de Moisés em algum lugar isolado do mar. Moisés guia seu povo hebreu até o Monte Sinai e lá recebe os Dez Mandamentos.

Max Fleicher já tinha idealizado o filme tão cedo quanto 1934. Mas a Paramount vetou a ideia, largamente baseado em seus interesses em sustentar a solvência financeira próximo a uma série de reorganização de falência. Entretanto, quando Branca de Neve e os Sete Anões estreou e se tornando um grande sucesso, Paramount queria duplicar o sucesso da Disney e ordenou que o filme fosse para ser lançado no Natal de 1939. Em Nova York, quando o filme estava sendo escrito, originalmente queriam que Popeye fosse interpretar Gulliver. A ideia foi rejeitada, e a história foi reestruturada por um time da Costa Oeste formado por Carl Howard, Tedd Pierce e Edmond Seward.

Um dos maiores desafios que Fleischer Studios encarou, foi a entrega do envelope para 18 meses, seguido na mesma época que a Fleischer Studio estava sendo realocada para Miami, Florida. Enquanto Branca de Neve estava em produção por 18 meses, estava em desenvolvimento há muito tempo, permitindo num total de 3 anos para alcançar a tela. Para se encontrarem no prazo final, os funcionários da Fleischer foram expandidos por alguns 800 empregados. Aulas de treinamento para animação foram organizadas nas escolas de arte em Miami como um canal para os trabalhadores adicionais. A experiência tinha atraído animadores dos estúdios de Hollywood, incluindo Nelson Demorest, Joe D’lgalo e formandos animadores da Fleischer como Grim Natwick, Al Eugster e Shamus Culhane, que voltaram depois de trabalharem no estúdio Walt Disney.

Várias técnicas da Costa Oeste foram introduzidas, com o objetivo de melhorar a animação e maior personalidade para os personagens, alguns animadores se adaptaram enquanto outros não conseguiram. Testes de lápis não eram inéditos em Nova York, mas logo foram abraçando como uma ferramenta para o método de melhoramento de produção. Enquanto a maioria dos personagens foram animados através de técnicas convencionais de animação, personagens como Gulliver, Glory e David foram animados com rotoscopia. O dublador de Gulliver, Sam Parker, também fez modelo para referencia do live-action.